Causa:

Uma NF-e pode estar referenciada em diferentes CT-e. nos Grupos de Documentos referenciados deste modelos. Quando uma NF-e está vinculada a um CT-e, esta não poderá ser Cancelada. 

A legislação diz que só poderá ser cancelada a NF-e desde que esta não tenha saído do estabelecimento (circulado). O fisco entende que se foi emitido um CT-e e relacionado a uma NF-e, é porque tudo está correto para circulação dessa mercadoria e que, consequentemente, ocorreu o fato gerador.

Regra de validação da SEFAZ:

Como resolver:

Caso seja imprescindível o cancelamento da operação, o emitente do CT-e deve Cancelar o seu Documento Fiscal que está referenciando a NF-e ou emitir uma nota de estorno ou devolução. A partir do momento que o CT-e for cancelado, a NF-e também poderá ser cancelada.

Referências:

Manual de Orientação ao Contribuinte v. 6.00: 

https://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=URCYvjVMIzI=